企业网站管理系统用于网站建设又可以说是模板建站，不过模板也可以由客户自行设计，只是套用企业网站管理系统中的网站后台管理系统而已。使用企业网站管理系统是完全独立的，数据库和代码文件全部独立自行管理，可以自行进行代码的修改，程序的升级。
企业网站管理系统的独立性可以让用户使用自由，功能的升级和改造都完全取决于用户，这样可以方便进行二次升级。由于数据库是独立的，代码是独立的，这样企业网站管理系统就同自助建站是区分来了的，可以看下自助建站与网站管理系统的异同的文章，因为自助建站从表面上来看也是独立的，但是程序是由自助建站的提供商统一控制，从而在客户单独进行功能升级时出现难题。而企业网站管理系统在代码和数据库上的完全独立，客户就可以根据自身不同的需求对企业网站管理系统进行一次开发和升级，从而从根本上满足企业的需求。
企业网站管理系统的独立性可以让客户的网站安全性增强。由于企业网站管理系统独立性就可以由客户自行选择空间和服务器。各网站站可以互不干扰，完全独立，从而大大的提高了网站的安全性。因为现在很多黑客在入侵网站时可以采用旁注的方法，从服务器上的一个网站入侵到另一个网站，从而使整个服务器的网站全部入侵，也就是说只要有一个网站有入侵漏洞，那么就会造成整个服务器上网站的不安全。
企业网站管理系统的独立性可以让客户自由移植。由于企业发展的需求，办公地址的变迁，或者网站服务商的变动，如企业在这时需要更换服务器时，使用企业网站管理系统可以自由移植，而不受其它网站或者程序的干扰。
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